Con un diametro di φ310 mm, il disco anteriore semiflottate della Ninja 400 garantisce un’efficace potenza frenante. Una nuova pompa freno anteriore più rigida aiuta ad eliminare possibili corse a vuoto della leva, mentre l’oculata scelta delle dimensioni e del materiale del tubo flessibile contribuisce alla sicura percezione della frenata. Inoltre, la Ninja 400 è equipaggiata con l'ultima unità ABS di Nissin, la più leggera e la più compatta sul mercato.