I nuovi fari a LED (posizione, anabbaglianti, abbaglianti) sono molto visibili e permettono una luminosità di gran lunga superiore.

Il motore da 399 cm3 della Ninja 400 offre un equilibrio tra prestazioni e fluidità. Il motore offre prestazioni migliorate a tutti i regimi rispetto al suo predecessore, con una buona potenza. La risposta regolare e prevedibile contribuisce a un carattere del motore facile e gestibile. Grazie al suo design efficiente, il motore compatto e leggero ha una dimensione  pari ai motori da 250 cc.

Contagiri digitale, indicatore di marcia inserita ed un schermo LCD multifunzione con tutte le informazioni necessarie al pilota.

Con un diametro di φ310 mm, il disco anteriore semiflottate della Ninja 400 garantisce un’efficace potenza frenante. Una nuova pompa freno anteriore più rigida aiuta ad eliminare possibili corse a vuoto della leva, mentre l’oculata scelta delle dimensioni e del materiale del tubo flessibile contribuisce alla sicura percezione della frenata. Inoltre, la Ninja 400 è equipaggiata con l'ultima unità ABS di Nissin, la più leggera e la più compatta sul mercato.

La triangolazione ciclicstica (pedane,sella, manubrio)  si adatta a un'ampio range di piloti. Rispetto ad altri modelli, la cui posizione di guida estrema compromette il comfort, la posizione dell'impugnatura rialzata e la posizione delle pedane leggermente in avanti mettono il pilota in una posizione per controllare la moto in ogni situazione.

L’altezza della sella (a 785mm) ed il suo design compatto consentono di appoggiare i piedi comodamente a terra durante le soste.

Il Design è sempre stato un punto forte dei modelli Ninja, indipendentemente dalla cilindrata.
Il nuovo Ninja 400 si rifà ad un nuovo stile Ninja ispirato alla potente Ninja H2. La carena di grandi dimensioni attira l'attenzione e dà l'impressione di una moto di più grossa cilindrata. Questa impressione è rafforzata dal design di alta classe e dall'eccellente finitura, che sono paragonabili alle moto di cilindrata maggiore.

Progettando il motore da zero, è stato possibile ottenere un layout che avesse caratteristiche ottimali, per dimensioni, peso ed efficienza con un design pulito e senza inutili fronzoli. L’ultima sfida è stata quella di abbassarne il peso pur avendo aumentato la cilindrata.