Il sistema d'iniezione carburante della KX250F è dotato di doppi iniettori: un iniettore a valle della valvola a farfalla (la posizione degli iniettori nei sistemi standard), e un secondo iniettore superiore ubicato vicino all'airbox.
A differenza della doppia iniezione tipica dei modelli supersport (in cui l'iniettore superiore entra in gioco fornendo carburante aggiuntivo solo quando necessario), i due iniettori presenti nel sistema d'iniezione del carburante nella KX250F svolgono funzioni distinte: l'iniettore inferiore garantisce una risposta fluida e immediata, mentre quello superiore ha il compito di fornire potenza. Con l'aumento del regime di rotazione e della posizione delle farfalle, il funzionamento passa dall'iniettore inferiore a quello superiore. (A seconda che sia innestata una marcia bassa (1a, 2a) o alta (3a, 4a, 5a), il passaggio è progressivo o pressoché istantaneo.)