Il motore quattro cilindri in linea da 1.043 cm3, DOHC, 16 valvole, raffreddato a liquido con alesaggio e corsa di 77,0 x 56,0 mm offre una
coppia elevata a regimi medio-bassi con un'omogenea erogazione di
potenza. In confronto alla Z1000, il motore presenta una risposta più vigorosa a regime medio-basso, con una potenza massima leggermente ridotta.
Sia la potenza massima sia la coppia si verificano ad un regime inferiore rispetto alla Z1000.
I corpi farfallati perpendicolari consentono all'aria d'aspirazione di raggiungere il motore più velocemente, offrendo migliori prestazioni. Spesso i corpi farfallati perpendicolari si avvalgono di cornetti d'aspirazione corti per ottimizzare le prestazioni agli alti regimi, tuttavia sulla Versys 1000 i cornetti sono più lunghi per garantire prestazioni ottimali nella guida di tutti i giorni.
L'erogazione di potenza è lineare e, grazie alle impostazioni d'iniezione, la risposta è rapida e fluida. Entrambe le caratteristiche facilitano il controllo (soprattutto durante le manovre a regimi bassi o in fase di apertura) e contribuiscono al potenziale da guida sportiva.
Il carattere flessibile del motore fa si che la Versys 1000 sarà sempre perfettamente a suo agio sia a regimi bassi sia a regimi medio-alti.